進行新冠病毒核酸檢測，需由前線醫護人員經鼻或口咽拭子進行採樣，之後送到公共衛生化驗所，由工作人員接收樣本。至5月20日，化驗所累計檢測了超過5萬人次的核酸樣本。

工作人員正核對樣本資料、標貼樣本編號。化驗所負責及協助核酸檢測的工作人員約30人。針對核酸檢測已將辦公時間調整至早上8時到晚上10時。目前每日核酸檢測量平均超過1,000人次。

化驗人員對樣本進行前處理。處理具感染性的新冠病毒樣本時，化驗人員要穿着生物安全防護裝備。

化驗人員將具感染性的樣本放入裂解液提取核酸並滅活。

將樣本放入離心機，以低速離心，避免樣本開蓋時產生氣溶膠。

將已滅活的樣本放入自動核酸提取儀中，進行核酸提取。

混合檢測試劑及樣本核酸。

放上實時螢光核酸檢測儀上進行檢測。

將樣本放上全自動核酸螢光分析系統進行檢測。當系統檢測到病毒核酸的螢光訊號時，結果為陽性；反之為陰性。

化驗所收到樣本後，經過前處理，放上儀器分析，約3至4小時內便可得知結果。